Seguramente el entorno de Bogarra llegó a estar habitado en época ibérica, siendo testigo de ello el hallazgo de la escultura funeraria de la Esfinge de Haches (finales del siglo VI a.C.), de estilo griego arcaico aunque el tipo de monumento funerario donde estaba integrada la pieza responde más al mundo púnico-cartaginés. De este talla encontramos dos reproducciones actualmente en el pueblo, una en la entrada al pueblo y otra en la plaza del Cabezuelo; mientras que la original reside en al Museo Arqueológico de Albacete. 

En plena Segunda Guerra Púnica (218-201 a.C.), conflicto armado que enfrentó a Roma contra Cartago, buscando los hermanos Escipión tomar Qart Hadasht (actual Cartagena y gran base enemiga), liberarán del control cartaginés a Bigerra en el 214 a.C., ciudad ibérica de la Bastetania (sudeste peninsular) asociada por algunos historiadores a Bogarra. Después, no hay vestigios de ocupación romana de esta zona 

 Tras esto, conocemos sólo los sucesos a nivel peninsular, la caída del Imperio Romano permitirá la entrada de los pueblos germanos desde principios del siglo V y ya en el siglo VIII entrarán los musulmanes. Con la conquista cristiana de la Meseta Sur, y al ser esta zona un territorio de frontera, las incursiones musulmanas no serán leves, por lo que en 1351 se repoblará Bogarra. 

 De esta época bajomedieval nos quedan los restos de dos torres, cuyas funciones debieron ser el control del territorio y de los caminos. La primera, a duras penas todavía en pie, es la llamada Torre de Haches, realizada en tapial y con un aljibe para recoger agua en su interior. Los documentos hacen referencia a un pequeño castillo que sufriría ataques musulmanes en 1457 y pero que no sería tomada, posiblemente siendo esta atalaya. 

Además, los esbozos de una segunda torre, apenas emergen de una elevación rocosa enclavada en el caso antiguo del pueblo, de donde se levanta el campanario de la Iglesia de Nuestra Señora de la Asunción (más tardía, del siglo XVI). Su planta, lo único conservado, también con un aljibe excavado en su suelo remite a la Torre de Haches, por lo que podrían haber sido edificios similares, controlando en este caso el paso en dirección Este-Oeste por el río. Parece haber sido destruida por orden del concejo de Alcaraz en 1466, poco antes de la Guerra de Sucesión Castellana (1475-1479). 

 En 1566 el título de Villa será otorgado a Bogarra, logrando la independencia de Alcaraz, de la mano de Felipe II. Será con Felipe IV en 1639 cuando sus habitantes reciban una carta de privilegio. Ya en octubre de 1874, el pueblo será escenario de la intrusión de una banda carlista comandada por Lozano en mitad de la Tercera Guerra Carlista (1872-1876), quien escaparía hacia tierras andaluzas.